Molte erano le malattie diffuse negli anni che vanno da 1920 al 1925, tra queste le più gravi erano sicuramente la Tbc, il tifo e la polmonite, che mieterono molte vittime tra la popolazione. In particolare il tifo si diffuse molto tra il maggio e l'ottobre del 1943 a Legnano e a Canegrate, paesi nei quali nel 1943 si registrò una vera e propria epidemia con 71 casi e 9 decessi nel primo comune e 42 casi e 3 decessi nel secondo. Subito in queste località si procedette all'esame delle acque, che risultarono però perfettamente potabili, quindi i medici ipotizzarono che l'epidemia fosse partita da qualche portatore sano, fosse stata veicolata dalle mosche e si fosse diffusa col latte.
Diverse furono le cause che portarono al diffondersi di tali malattie: prima fra tutte la scarsa nutrizione dovuta alle difficoltà derivate dalla guerra e in secondo luogo le scarse condizioni igieniche in cui si era costretti a vivere. Si pensi che da una relazione sullo stato igienico-sanitario dei comuni di Legnano, Canegrate, Rescaldina, Cerro Maggiore e San Giorgio su Legnano risulta che, eccezion fata per la sola Legnano, vi erano ancora
abitazioni vecchie, umide, deficienti per illuminazione per ventilazione e per servizi igienici,
rese ancora più malsane dal fatto che molte volte si trovavano vicine a stalle e concimaie non regolamentari.
In questi anni tragici era difficoltosa persino la disinfezione, indispensabile per arginare le epidemie. Il consorzio sanitario di cui anche Canegrate faceva parte, infatti, era sì fornito di apparecchi indispensabili per le sterilizzazioni, ma con l'aggravarsi della situazione bellica, che comportò tra le altre cose anche una scarsità di combustibile, questi iniziarono a essere usati molto più raramente e solo per i bisogni ospedalieri. Inoltre, dal momento che c'era anche penuria di carburante, il consorzio fu obbligato ad utilizzare il camioncino "Balilla" che aveva a disposizione con molta più parsimonia e si dovette ricorrere all'uso della bicicletta per trasportare sia i macchinari che il materiale disinfettante.
Dalla relazione si evince anche che la fognatura esisteva unicamente a Legnano, mentre negli altri paesi della zona c'erano solo tombini che dovevano raccogliere le acque piovane, ma la situazione era aggravata dal fatto che le strade, in particolare a San Giorgio su Legnano e nella nostra Canegrate, non erano assolutamente ben tenute. La condizione delle strade verrà migliorata nel 1947, dopo la costruzione di una fognatura a tipo misto, con immissione delle acque nell'Olona.
Buoni, invece, saranno i dati relativi alle immunizzazioni, che vedranno, nel solo 1943, 65 persone vaccinate contro il vaiolo, 862 contro il tifo e pare che 86 canegratesi abbiano usufruito delle vaccinazioni antidifteriche in associazione con la vaccinazione antivaiolosa. Anche nel 1944 la situazione si manterrà buona: 76 saranno le persone che si sottoporranno alle vaccinazioni antidifteriche e 77 saranno quelle che faranno il richiamo delle antivaiolose; tali dati caleranno, però, nella sessione primaverile, dove scarsa sarà la presenza dei bambini, fatto che porterà i comuni consorziati a diffidare i genitori dei bambini assenti e a infliggere loro una pena pecuniaria, pena che verrà poi condonata. La situazione, come si può ben immaginare, pian piano migliorerà negli anni del dopoguerra: nella relazione del consorzio relativa al 1947 infatti si legge
Il servizio si è svolto regolarmente in due sessioni (primaverile ed autunnale) ed è stato eseguito dai medici condotti, come vuole la Legge, coadiuvati dalle Assistenti Sanitarie Visitatrici e dai Vigili Sanitari.
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